Le champ d’activité du CIHAM couvre le millénaire médiéval, avec une spécialisation sur les trois derniers siècles du Moyen Age. Géographiquement, les enquêtes portées par le CIHAM concernent la vallée du Rhône et le quart sud-est de la France, l’Italie, la péninsule Ibérique et le Maghreb avec des extensions vers le nord de la France et le Proche-Orient.
Très variées, les sources mobilisées proviennent des archives, des bibliothèques, des musées mais aussi des archives des chercheurs. Elles sont aussi le produit de trois chantiers archéologiques majeurs (Albalat en Espagne, L’Isle-sur-la-Sorgue en Vaucluse, et La Couronne dans l’Allier).
Le CIHAM est très fortement investi dans les humanités numériques.